年卡税款滞纳金的扣除方式分2类别。
1、当地车子类，税款滞纳金＝应交年卡费额度×2‰×贷款逾期日数
2、是新汽车入户口、外地车入迁类，税款滞纳金＝年卡资费标准÷12×应交费月数
贷款逾期的日数从应交年卡费的第二年1月1日起止交纳税款滞纳金日的前一天止，税款滞纳金计至元位才行。税款滞纳金除开两者之间车子隶属类型的年卡数量相关外，贷款逾期日数越大税款滞纳金额也就会越大。
税款滞纳金应用年卡收费标准收条，与补交当初年卡费的收条一并打印、计收。即收条的第一栏为补交年卡高速公路费额，第二栏为扣除的税款滞纳金。